一、基本陳列展區位于博物館二層，面積約4000平方米。

　　展覽特點：該展覽的特點是以全國大運河發展歷程奠定宏大的時空與敘事背景，著力突出北京與大運河的互動關系、北京在大運河歷史上的龍頭作用，以人、水、城為內容主線，從人文地理視角、生態文明展示北京城市發展歷史、建設成就。

　　二、專題展由京城系列、京津冀系列、收藏系列組成。

　　京城系列包括《北運河歷史文化畫卷專題》《“暢游大運河”沉浸式數字體驗專題》《故宮博物院藏文物系列專題》，京津冀系列將首先推出《京津冀協同發展專題》，收藏系列將推出《北京市文物交流中心藏品專題》。

　　三、開放展區：大運河博物館為觀眾打造了人文、休閑、科技相融合的體驗式開放展示區。

　　1、人文休閑暨數字科技體驗區位于B1層的開闊空間，展示反映北京與大運河主題的藝術品及數字科技交互體驗展項，使觀眾一進入場館即感受到強烈的歷史文化氛圍與現代科技的感染力。

　　2、人文休閑展示區位于1層大堂、2層中廳北側(正對共享大廳連廊入口)，展示北京與大運河歷史文化題材場景復原。

　　3、當代藝術休閑展示區充分利用2、3層休息區，展示當代名家雕塑與工藝美術品，渲染藝術與時尚活力。

　　4、石刻園林展示區在B1層連廊錯落有致地裸展館藏古代石刻文物，營造傳統園林的氛圍。

　　5、建筑隔震科普展示區與石刻園林展示區相鄰，通過東館建筑隔震剖面科普博物館隔震減震知識、傳播文物保護理念。

　　此外，大運河博物館還設有臨時展覽。臨時展覽立足于“城”，以“解讀燦爛中華”為重點，服務京津冀協同發展，并合作引進境外優秀展覽。

　　“大運河博物館有兩個臨展專用展廳可以組合為一個大型臨時展廳。同時部分專題展消除了與臨時展覽之間的界限，也將承擔臨時展覽的功能。”